1.化肥中不含有機(jī)質(zhì)、腐殖質(zhì)，因此大量使用化肥，土壤由于有機(jī)質(zhì)和腐殖質(zhì)的缺乏，土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)遭到破壞，造成土壤板結(jié)，農(nóng)植物產(chǎn)量下降。
2.化肥利用率低，氮肥因?yàn)橐讚]發(fā)、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因?yàn)榱姿岣瘜W(xué)活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結(jié)合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。
3.化肥大量使用使蔬菜瓜果品質(zhì)大大下降。由于作物不僅僅需要氮磷鉀，同時還需要鈣鐵鋅硒等許多微量元素，而化肥一般成分比較單一，所以長期使用化肥必然導(dǎo)致土壤中所含養(yǎng)分趨于單一，易使作物營養(yǎng)失調(diào)，從而導(dǎo)致作物內(nèi)部轉(zhuǎn)化合成受阻，必然導(dǎo)致作物品質(zhì)下降，瓜不甜，菜不香。
4.危害人體健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸鹽含量超標(biāo)，而亞硝酸鹽與胺類物質(zhì)結(jié)合形成N-亞硝酸基化合物為強(qiáng)致癌物質(zhì)。
5.化肥的大量使用，還造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
6.化肥的長期低效施用，往往造成土壤中某些元素的過分積累和土壤理化性質(zhì)的變化及環(huán)境的污染。
7.從中國大量使用化肥看，越使用化肥，地利就越下降，就越依賴化肥，由此形成惡性循環(huán)。